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表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)

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表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)

表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)范文第1篇

基因組印記

基因組印記是一種不遵循傳統(tǒng)孟德爾遺傳規(guī)律的表觀遺傳現(xiàn)象。這是由于來源于某一親本的等位基因或其所在的染色體發(fā)生了表觀遺傳修飾,導(dǎo)致不同親本來源的兩個等位基因在子代細(xì)胞中表達(dá)不同。受印記機(jī)制調(diào)控而差異表達(dá)的基因稱之為印記基因(imprintedgene)。目前在植物、昆蟲和哺乳動物中均發(fā)現(xiàn)了基因組印記現(xiàn)象,而在鳥類、魚類、爬行類和兩棲類動物普遍認(rèn)為不存在印記現(xiàn)象。1991年Bartolomei等采用基因敲除技術(shù)在小鼠中首次確認(rèn)了類胰島素生長因子2型受體和非編碼RNAH19基因兩個母源印記基因及一個類胰島素生長因子2型父源印記基因。2007年,杜克大學(xué)的研究人員用機(jī)器學(xué)習(xí)的人工智能形式發(fā)現(xiàn)了156個新的印記基因,并以此為基礎(chǔ)創(chuàng)造了第一張人類基因組印記基因圖譜。

X染色體失活

X染色體失活是指雌性哺乳類細(xì)胞中兩條X染色體的其中之一失去活性的現(xiàn)象,X染色體會被包裝成異染色質(zhì),進(jìn)而因功能受抑制而沉默化,這種現(xiàn)象也稱為X染色體的劑量補(bǔ)償(dosagecompensation)。X染色體失活的起始和選擇發(fā)生在胚胎發(fā)育的早期,這個過程被X染色體失活中心(X-inactivationcenter,XIC)所控制,是一種反義轉(zhuǎn)錄的調(diào)控模式。這個失活中心存在著X染色體失活的特異性轉(zhuǎn)錄基因,當(dāng)失活命令下達(dá)時,這個基因產(chǎn)生1個17kb不翻譯的RNA與X染色體結(jié)合,介導(dǎo)DNA甲基化和組蛋白修飾,引發(fā)并維持X染色體的失活。X染色體失活中心還有“記數(shù)”功能,即保持每個二倍體中僅有1條X染色體有活性,其余全部失活。X染色體的失活狀態(tài)需要表觀遺傳修飾來維持,可以通過有絲或減數(shù)分裂遺傳給后代。

非編碼RNA

非編碼RNA是指不能翻譯為蛋白質(zhì)的功能性RNA分子,其中包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、microRNA等多種已知功能的RNA以及未知功能的RNA。按照它們的大小可分為長鏈非編碼RNA和短鏈非編碼RNA,前者在基因簇以至于整個染色體水平發(fā)揮順式調(diào)節(jié)作用,后者在基因組水平調(diào)控基因表達(dá)并介導(dǎo)mRNA的降解,誘導(dǎo)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)改變,決定細(xì)胞的分化命運(yùn),還對外源的核酸序列有降解作用以保護(hù)本身的基因組。microRNA是一類內(nèi)源產(chǎn)生的長度約為22個核苷酸的非編碼小RNA分子,廣泛存在于真核生物甚至病毒中,通過調(diào)節(jié)編碼蛋白的基因的表達(dá)或翻譯來發(fā)揮調(diào)控作用。microRNA的功能十分廣泛并且滲入到了生理病理學(xué)的各種調(diào)控途徑中,包括發(fā)育周期、細(xì)胞增殖和分化、細(xì)胞凋亡、新陳代謝、神經(jīng)調(diào)控、腫瘤發(fā)生以及病毒和宿主的相互作用等。在法醫(yī)學(xué)應(yīng)用中,由于降解后的片段長度過小,不能進(jìn)行有效的PCR擴(kuò)增,然而microRNA就能滿足降解檢材的PCR擴(kuò)增,開始成為關(guān)注的熱點(diǎn)。

表觀遺傳學(xué)在法醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用

1表觀遺傳學(xué)與親權(quán)鑒定

自1985年英國遺傳學(xué)家AlecJeffreys教授首次報道DNA指紋圖技術(shù)應(yīng)用于法醫(yī)DNA分析以來,DNA分析技術(shù)已經(jīng)在多起重大的刑事犯罪偵破和民事訴訟中發(fā)揮重要的作用。目前主要是以熒光標(biāo)記STR與SNP等傳統(tǒng)遺傳標(biāo)記進(jìn)行個體識別和親權(quán)鑒定。但在法醫(yī)學(xué)親子鑒定中,尤其是子代為雜合子或者父(母)和子代為相同的雜合子的單親鑒定中,親代的必需等位基因可能無法確定,使基因座的鑒別能力下降。但通過使用親緣特異性甲基化遺傳標(biāo)記可以直接判定等位基因的親源,從而確定親代的必需等位基因。Zhao等應(yīng)用甲基化特異性PCR對被甲基化標(biāo)記的母系SNP位點(diǎn)rs220028進(jìn)行檢測證明了這一觀點(diǎn)。另外,Poon等報道,采用DNA甲基化標(biāo)記可有效識別孕婦外周血中的胎兒DNA,這也為產(chǎn)前的親權(quán)鑒定提供了一種非侵入性的檢測方法。

2表觀遺傳學(xué)與年齡推斷鑒定

個體年齡推斷一直是法醫(yī)學(xué)研究的重要內(nèi)容。目前實(shí)際工作中,個體年齡推斷主要依據(jù)人類學(xué)方法,通過測量與年齡相關(guān)的骨骼、牙齒標(biāo)志等,根據(jù)相關(guān)模型進(jìn)行推算。近年來,許多研究者發(fā)現(xiàn)表觀遺傳學(xué)為個體年齡推斷的研究提供了一種新的思路。DNA甲基化隨年齡變化的特點(diǎn)為利用甲基化標(biāo)記進(jìn)行年齡推斷提供了可能。陳培利等利用人胚肺二倍體成纖維細(xì)胞(humanembryoniclungdiploidfibroblast,2BS)進(jìn)行體外培養(yǎng),發(fā)現(xiàn)其p16基因啟動子區(qū)及外顯子Ⅰ處的DNA甲基化水平隨個體細(xì)胞代齡的增加而降低。Tra等用限制性標(biāo)記基因組掃描(restrictionlandmarkgenomescanning,RLGS)技術(shù)對T淋巴細(xì)胞2000個基因座的甲基化年齡變化情況進(jìn)行了調(diào)查,發(fā)現(xiàn)29個基因座有變化,其中23個增加,6個降低。由于甲基化標(biāo)記數(shù)目眾多,從中可以篩選出一組適合于法醫(yī)學(xué)應(yīng)用的、年齡變化有規(guī)律的座位,應(yīng)用于微量檢材的年齡推斷。尹慧等用高效液相色譜(HPLC)法對94個健康個體DNA甲基化水平的檢測發(fā)現(xiàn),5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)含量隨年齡增加而降低,50歲以上與50歲以下年齡組5mC含量差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。2010年,Teschendorff等通過對261個絕經(jīng)后婦女全血樣本約14000個基因啟動子區(qū)超過27000個CpG的甲基化狀態(tài)進(jìn)行分析,證實(shí)干細(xì)胞多梳蛋白家族(polycombgroup,PcG)靶基因比非靶基因更容易隨年齡發(fā)生甲基化,并且變化不依賴于組織類型、疾病狀態(tài)和甲基化水平。

Bocklandt等通過分析唾液中的DNA甲基化標(biāo)記,可以預(yù)測一個樣本組成員的年齡,結(jié)果與實(shí)際年齡相差大約在5歲范圍內(nèi)。這項(xiàng)技術(shù)如果被確證,可能會成為法醫(yī)取證方面很有用的一種工具。同時,它還表明了一種可能性:DNA甲基化修飾或許可以提供一種比計(jì)算生日更具醫(yī)學(xué)相關(guān)性的年齡測定方法。

2010年,NorenHooten等在外周血單核細(xì)胞中的800個microRNA標(biāo)記中篩選出9個與年齡相關(guān)的基因,但發(fā)現(xiàn)其中5個與疾病有關(guān),該研究表明microRNA可以作為推斷年齡以及和年齡相關(guān)疾病的診斷指標(biāo)。

2011年,國內(nèi)Jin等首次報道了通過體細(xì)胞發(fā)揮功能的組蛋白修飾基因?qū)λダ线@一重要生物學(xué)過程的調(diào)控作用。這項(xiàng)研究通過生物化學(xué)、分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)相結(jié)合的方法,發(fā)現(xiàn)組蛋白H3K27me2/3去甲基酶UTX-1/UTX對衰老發(fā)揮了重要的調(diào)控作用。在秀麗線蟲中,該基因的雜合突變體及野生型的RNAi敲降后都能極大地延長線蟲壽命,使其抗逆性也大大加強(qiáng)。遺傳學(xué)分析發(fā)現(xiàn)其功能依賴于胰島素樣信號通路。這種通過重新建立組蛋白修飾模式的方式,揭示了細(xì)胞的重編程在抑制衰老過程中的重要作用,并提示其作用機(jī)制在哺乳動物細(xì)胞中同樣存在。

3表觀遺傳學(xué)與雙生子的鑒別

同卵雙生子(monozygotictwins,MZ)是由一個受精卵經(jīng)過卵裂產(chǎn)生兩個單獨(dú)的細(xì)胞,并發(fā)育為完全獨(dú)立的個體,因此同卵雙生兩個個體的遺傳背景完全相同,享有共同的DNA序列。在法醫(yī)DNA分析領(lǐng)域,現(xiàn)有的DNA分析手段尚不能有效鑒別同卵雙生個體。

但是近年來,眾多研究都已證實(shí),同卵雙生子的表觀遺傳學(xué)水平存在一定的差異。Fraga等對西班牙的40對同卵雙生子個體進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)他們在DNA甲基化、X染色體失活、組蛋白位點(diǎn)特異性乙酰化上存在差異,并且這種差異會隨年齡增長而增加。Kaminsky等對114對同卵雙生子個體的DNA甲基化的研究顯示,血白細(xì)胞、口腔黏膜上皮細(xì)胞和腸道組織中的甲基化狀態(tài)均存在差異。

此外,Ollikainen等對新生兒不同組織相關(guān)的4個差異甲基化區(qū)域的甲基化狀態(tài)進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)甲基化水平存在顯著差異。從上述研究成果中可以看出,研究人員已經(jīng)把目光投入到了法醫(yī)DNA分析的全新領(lǐng)域,尤其是DNA甲基化在同卵雙生子中的研究。這些都為采用DNA甲基化這一表觀遺傳學(xué)標(biāo)記進(jìn)行同卵雙生子個體甄別的可能性提供了強(qiáng)有力的理論支撐。

4表觀遺傳學(xué)與組織來源鑒定

在常見的法醫(yī)學(xué)案件中,有時需要對生物檢材的組織來源進(jìn)行鑒定。傳統(tǒng)的形態(tài)和生化方法信息含量少,容易受各種條件的影響,因此常常受到限制。隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展,以表觀遺傳學(xué)為基礎(chǔ)的組織鑒定方法存在明顯優(yōu)勢,越來越為人們所關(guān)注。

例如,富含CpG的Alu重復(fù)序列,在體細(xì)胞中是甲基化的,在生殖細(xì)胞中卻是低甲基化的,有一個在進(jìn)化上比較年輕的Alu亞族在中幾乎是完全沒有甲基化的。通過對這一Alu亞族甲基化的分析,就可以判斷檢材是否含有。范光耀應(yīng)用聯(lián)合亞硫酸氫鹽的限制酶法,調(diào)查、常見體液、分泌液和組織的DEAD盒多肽4[DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)boxpolypeptide4,DDX4)]基因啟動子甲基化水平,發(fā)現(xiàn)中的甲基化水平顯著高于非組織。因此,選擇一個合適的界值,可以根據(jù)DDX4甲基化水平有效地鑒別(斑)的種屬來源。

Hanson等運(yùn)用RT-PCR技術(shù),根據(jù)microRNA的細(xì)胞組織特異性對血液、、唾液、陰道分泌液和經(jīng)血進(jìn)行來源鑒別,并通過與21種人體組織比對驗(yàn)證了各種斑痕microRNA表達(dá)的特異性,用于檢測RNA的模板量最低可達(dá)50pg。Zubakov等運(yùn)用微陣列和Taqman定量PCR技術(shù)確證了一些能運(yùn)用于法醫(yī)學(xué)實(shí)踐識別血痕和精斑的穩(wěn)定的microRNA標(biāo)記。該項(xiàng)研究不僅將靈敏度提高到相當(dāng)于單細(xì)胞水平的0.1pgRNA模板量,而且在新鮮與陳舊樣本的比對中發(fā)現(xiàn)其microRNA分子絕對含量未發(fā)生明顯變化。

5其他

近年來,隨著學(xué)者們對RNA在法庭科學(xué)領(lǐng)域的研究逐漸廣泛和深入,發(fā)現(xiàn)microRNA在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用價值也日益重要。2007年王芬等發(fā)現(xiàn)有6個microRNA分子在H2O2誘導(dǎo)PC12細(xì)胞凋亡后表達(dá)顯著下調(diào),這一結(jié)果為法醫(yī)病理學(xué)者研究腦缺血再灌注損傷中神經(jīng)細(xì)胞凋亡的機(jī)制提供了理論依據(jù)。2010年李文燦等在研究大鼠心肌組織microRNA降解與死亡時間的相關(guān)性時發(fā)現(xiàn),其含量在機(jī)體死后120h內(nèi)保持相對穩(wěn)定的水平,可作為內(nèi)參指標(biāo)反映其他生物指標(biāo)的變化水平。

隨著分子生物學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展,法醫(yī)工作者又面臨一項(xiàng)新的挑戰(zhàn),即如何在日常的親緣鑒定和個體識別工作中有效甄別偽造DNA。用于偽造DNA常使用PCR擴(kuò)增的方法,因此使用親緣特異性甲基化遺傳標(biāo)記,可以在進(jìn)行親子鑒定和個體識別的同時,檢測樣本的甲基化狀態(tài),從而鑒別樣本是否為人工偽造DNA。因此DNA甲基化遺傳標(biāo)記在鑒定DNA是否人工偽造中發(fā)揮著重要的作用。

表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)范文第2篇

齡成為可能。作為表觀遺傳學(xué)重要組成部分的dna甲基化,在機(jī)體生長、發(fā)育、衰老的過程中存在著動態(tài)變化過程.通過

檢測dna甲基化改變,有望構(gòu)建與之相關(guān)的年齡變化模式,用以推斷個體年齡。本文著重介紹dna甲基化水平的改變與

個體年齡的相關(guān)性及其在判斷個體年齡方面的前景。

【關(guān)鍵詞】法醫(yī)物證;dna甲基化;年齡推斷;生物體衰老

【中圖分類號】d9l9.2

【文獻(xiàn)標(biāo)識碼】a

【文章編號】1007—9297(20__)04—0284—05

當(dāng)前在法醫(yī)學(xué)實(shí)踐中,對個體年齡的推斷主要是

依據(jù)人類學(xué)方法測量骨骼、牙齒等一些具有年齡相關(guān)

性的檢材.并根據(jù)相關(guān)模型進(jìn)行計(jì)算。分子生物學(xué)的

飛速發(fā)展,開拓了人們的視野。借助于分子生物學(xué)理

論和方法.在細(xì)胞水平、分子水平發(fā)現(xiàn)一些可能與年

齡相關(guān)的遺傳學(xué)改變,如dna損傷修復(fù)能力、端粒的

長度、線粒體片段的缺失、dna甲基化水平、b一半乳糖

苷酶活性以及基因表達(dá)譜等。lll dna甲基化是表觀遺

傳學(xué)(epigenetics)的重要組成部分,在維持正常細(xì)胞

功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類腫瘤發(fā)生中起著重

要作用.在衰老的過程中某些細(xì)胞會發(fā)生年齡相關(guān)的

變化,121例如某個cpg島的從頭甲基化會關(guān)閉一個基

因,使這個基因相關(guān)的生理功能喪失:同樣。甲基化的

丟失也會激活正常情況下沉默的基因.造成不恰當(dāng)?shù)?/p>

異位表達(dá)(ectopic expression)。必須指出,表觀遺傳研

究絲毫沒有降低遺傳學(xué)或基因組學(xué)的重要性,恰恰相

反,表觀遺傳學(xué)是在以孟德爾式遺傳為理論基石的經(jīng)

典遺傳學(xué)和分子遺傳學(xué)母體中孕育的專門研究基因功

能實(shí)現(xiàn)的一種特殊機(jī)制的遺傳學(xué)分支學(xué)科。認(rèn)識到表

觀基因組在發(fā)育、生長和衰老過程中存在著一個動態(tài)

變化的過程,以及體細(xì)胞的表觀基因組有重新編程的

可能性,有助于我們以新的觀點(diǎn)來探索衰老的機(jī)制,構(gòu)

建年齡變化的模式。本文就dna甲基化與個體年齡的

相關(guān)性及其在判斷個體年齡方面的前景進(jìn)行探討。

、概述

(一)表觀遺傳學(xué)和dna甲基化

遺傳學(xué)是與表觀遺傳學(xué)(genetic)相對應(yīng)的概念。

遺傳學(xué)是指基于基因序列改變所致基因表達(dá)水平變

化,如基因突變、基因雜合丟失和微衛(wèi)星不穩(wěn)定等;而

表觀遺傳學(xué)則是指基于非基因序列改變所致基因表

達(dá)水平變化,如dna甲基化和染色質(zhì)構(gòu)象變化等:表

觀基因組學(xué)(epigenomics)~0是在基因組水平上對表觀

遺傳學(xué)改變的研究。甲基化是最重要的表觀遺傳修飾

形式。dna甲基化是生物體在dna甲基化轉(zhuǎn)移酶

(dnmts)的作用下,以s一腺苷酰一l一甲硫氨酸(sam)

為甲基供體,將甲基轉(zhuǎn)移到特定堿基上去的過程,

dna甲基化多發(fā)生在胞嘧啶,大多在一cpg一序列上。

胞嘧啶由此被修飾為5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine.

5-mc)。這種dna修飾方式并沒有改變基因序列。但

它調(diào)控了基因的表達(dá)。

哺乳動物中.cpg序列在基因組中出現(xiàn)的頻率僅

有l(wèi)%,遠(yuǎn)低于基因組中的其他核苷酸序列。但在基因

組的某些區(qū)域中,cpg序列密度很高,可以達(dá)均值的5

倍以上,成為鳥嘌呤和胞嘧啶的富集區(qū).形成所謂

cpg島。通常cpg島大約含有500多個堿基。在哺乳

動物基因組中約有4萬個cpg島,而且只有cpg島

的胞嘧啶能夠被甲基化,cpg島通常位于基因的啟動

子區(qū)或是第一個外顯子區(qū) 。人類基因組中大小為

100~l 000 bp左右且富含cpg二核苷酸的cpg島總

是處于未甲基化狀態(tài).并且與56%的人類基因組編碼

基因相關(guān)。人類基因組序列草圖分析結(jié)果表明,人類

基因組cpg島約為45 000個.大部分染色體每1 mb

就有5—15個cpg島。平均值為每mb含lo.5個cpg

島,cpg島的數(shù)目與基因密度有良好的對應(yīng)關(guān)系。健

康人基因組中.cpg島中的cpg位點(diǎn)通常是處于非甲

基化狀態(tài),而在cpg島外的cpg位點(diǎn)則通常足甲基化的。這種

甲基化的形式在細(xì)胞分裂的過程中能夠穩(wěn)定的保留。閣基因

調(diào)控元件(如啟動子)所含cpg島中的5-mc會阻礙

[作者簡介]李鑫(1974一),男,山東淄博人,主檢法醫(yī)師,碩士研究生,主要從事法醫(yī)遺傳學(xué)研究。

法律與醫(yī)學(xué)雜志20__年第l3卷(第4期)

轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合體與dna的結(jié)合,所以dna甲基化一

般與基因沉默(gene silence)相關(guān)聯(lián);而去甲基化

(demethylation)往往與一個沉默基因的重新激活(re.

activation)相關(guān)聯(lián)。當(dāng)機(jī)體衰老或呈病理狀態(tài),特別是

腫瘤發(fā)生時,抑癌基因cpg島以外的cpg序列非甲

基化程度增加,而cpg島中的cpg則呈高度甲基化,

以至于染色體螺旋程度增加及抑癌基因表達(dá)的丟失。

一般說來,dna的甲基化對維持染色體的結(jié)構(gòu)、x染

色體的失活、基因印記和腫瘤的發(fā)生發(fā)展都起重要的

作用?!?】

(二)dna甲基化的生物作用及特點(diǎn)

1.dna甲基化與基因表達(dá)

dna甲基化在維持正常細(xì)胞功能、遺傳印記、胚

胎發(fā)育過程以及衰老過程中起著極其重要的作用。研

究表明胚胎的正常發(fā)育得益于基因組dna適當(dāng)?shù)募?/p>

基化。例如:缺少任何一種甲基轉(zhuǎn)移酶對小鼠胚胎的

發(fā)育都是致死性的。[31此外,等位基因的抑制被印記控

制區(qū)(icrs)所調(diào)控,該區(qū)域在雙親中的一個等位基因

是甲基化的。17]印記基因的異常表達(dá)可以引發(fā)伴有突

變和表型缺陷的多種人類疾病。甲基化抑制基因轉(zhuǎn)錄

主要通過以下機(jī)制來實(shí)現(xiàn)。

(1)直接抑制。cpg島甲基化真接干擾tf與調(diào)控

區(qū)dna 的結(jié)合. 例如camp反應(yīng)元件結(jié)合蛋白

(creb),ap一2,e2f,nfkb等tf不能與相應(yīng)的dna

位點(diǎn)相結(jié)合。但有些tf如sp1,ctf與甲基化和非甲

基化位點(diǎn)都能結(jié)合,這表明甲基化單獨(dú)不足以阻止體

內(nèi)tf與dna相結(jié)合。

(2)間接機(jī)制。近年來發(fā)現(xiàn)一些甲基化dna結(jié)合

蛋白如mdbp1,mdb2以及甲基化cpg結(jié)合蛋白如

mecp1,mecp2與甲基化dna特異結(jié)合,抑制基因轉(zhuǎn)

錄。其介導(dǎo)轉(zhuǎn)錄抑制的程度取決于甲基化密度和啟動

子的強(qiáng)度。如低密度甲基化可完全抑制一些弱的啟動

子,但對強(qiáng)的啟動子則收效甚微。

(3)dna甲基化還可通過影響染色體結(jié)構(gòu)來抑制

轉(zhuǎn)錄。不僅甲基化啟動子區(qū)形成的核小體抑制體外起

始轉(zhuǎn)錄,而且mecp1與甲基化啟動子cpg位點(diǎn)結(jié)合

后,可引起染色質(zhì)聚縮成非活性高級結(jié)構(gòu),以至于轉(zhuǎn)

錄因子不能與其相結(jié)合,從而抑制轉(zhuǎn)錄。

dna甲基化狀態(tài)并非固定不變.在許多哺乳動物

組織內(nèi),基因組甲基脫氧胞嘧啶水平隨老化而下降,

在鮭魚、小鼠、大鼠、牛與人類的腦、肝臟、大腸粘膜、

心臟和脾臟內(nèi)發(fā)現(xiàn)dna脫甲基化作用。相反,大鼠肺

則不發(fā)生脫甲基化,大鼠。腎內(nèi)甲基脫氧胞苷總含量增

加。這說明甲基化狀態(tài)隨老化而變化,即發(fā)生甲基化

· 285 ·

和脫甲基化,但總的說來,最常見的變化似乎是進(jìn)行

性的脫甲基化。這些變化均可導(dǎo)致隨老化而發(fā)生的基

因表達(dá)變化。

2.dna甲基化與腫瘤的關(guān)系

研究表明,dna甲基化在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展中起

重要作用。甲基化狀態(tài)的改變是引起腫瘤的一個重要

因素,這種變化包括dna甲基化總體水平降低和啟

動子等基因表達(dá)調(diào)控元件附近的cpg島局部甲基化

水平的異常升高,從而導(dǎo)致基因組的不穩(wěn)定(如染色

體的不穩(wěn)定、可移動遺傳因子的激活、原癌基因的表

達(dá))和抑癌基因的不表達(dá)。如果抑癌基因中有活性的

等位基因失活,則發(fā)生癌癥的幾率提高,例如:胰島素

樣生長因子一2(igf一2)基因印記丟失導(dǎo)致多種腫瘤,

如wilm‘s瘤。【8j

3.dna甲基化與基因印記

基因組印記是性細(xì)胞系的一種表觀遺傳修飾,這

種修飾有一整套分布于染色體不同部位的印記中心

來協(xié)調(diào)。印記中心直接介導(dǎo)了印記標(biāo)記的建立及其在

發(fā)育全過程中的維持和傳遞,并導(dǎo)致以親本來源特異

性方式優(yōu)先表達(dá)兩個親本等位基因中的一個.而使另

一個沉默?;蚪M印記是可遺傳的,dna的甲基化在

基因組印記的分子機(jī)理中充當(dāng)重要角色。dna高甲基

化是一個基因印記抑制信號,dna甲基化對控制印記

基因中父子和母子等位基因的不同表達(dá)具有重要作

用。[91

4.人類基因組dna甲基化的特點(diǎn)

dna甲基化的基本特征有:1)數(shù)量多、信息容量

大;2)可遺傳性:有絲分裂時分化細(xì)胞可以穩(wěn)定地將

甲基化模式傳遞給子代細(xì)胞:3)相對穩(wěn)定性,即在體

內(nèi).內(nèi)外環(huán)境短時間變化不會引起細(xì)胞基因組甲基化

譜的改變;4)與snp標(biāo)記毗鄰,提供不同層次信息,相

互補(bǔ)充。人類基因組dna甲基化還有自身特點(diǎn)。

(1)時空特異性。dna甲基化是記錄細(xì)胞分化歷

史、維持組織特異性基因表達(dá)的主要機(jī)制之一。有學(xué)

者認(rèn)為,dna甲基化可能使分化細(xì)胞基因組重新編

程,通過dna 甲基化來控制基因的時空表達(dá),調(diào)節(jié)發(fā)

育過程和各種生理反應(yīng)。在不同組織或同一類型細(xì)胞

的不同發(fā)育階段,基因組dna上各cpg位點(diǎn)甲基化

狀態(tài)的差異構(gòu)成基因組dna甲基化譜。組織特異的

dna甲基化譜是哺乳動物基因組的一個顯著特征。

細(xì)胞之間dna甲基化模式的差異是在個體發(fā)育

的過程中逐步形成的,并在以后的有絲分裂中保持不

變。在胚胎發(fā)育過程中,細(xì)胞的甲基化模式按一定方向

發(fā)生有規(guī)律地變化。成年個體,組織特異性基因形成組

· 286 ·

織特異性的甲基化模式。隨著年齡增長,基因組dna甲

基化總體水平不斷下降.特定dna片斷的甲基化程度

可以增高或降低。取決于組織細(xì)胞和基因種類。

(2)親緣特異性。在某些基因座,所有組織體細(xì)胞

都選擇性地將親代一方的等位基因甲基化.呈現(xiàn)親緣

依賴的等位基因甲基化模式。

(3)病理特異性。在病理狀態(tài)下,組織細(xì)胞的dna

甲基化譜發(fā)生特異性的改變。dna甲基化改變在許多

腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程中發(fā)揮重要的作用。目前證實(shí),啟

動子高甲基化是腫瘤抑制基因第三種常見的失活途徑。

二、dna甲基化與年齡相關(guān)性

分化細(xì)胞的穩(wěn)定性是高等生物的基本特征之一。

然而,在衰老過程中某些細(xì)胞會發(fā)生年齡相關(guān)的變

化。例如,某種cpg島的從頭甲基化會關(guān)閉一個基因,

喪失與這個基因相關(guān)的生理功能;同樣.甲基化的喪

失也會激活正常情況下沉默的基因,造成不恰當(dāng)?shù)漠?/p>

位表達(dá)。2o世紀(jì)8o年代初,wilson等測定了體外培養(yǎng)

的人、田鼠及小鼠成纖維細(xì)胞dna的5 甲基胞嘧啶

含量,發(fā)現(xiàn)均隨細(xì)胞分裂次數(shù)的增加而降低.且下降

速度以人、田鼠、小鼠的次序遞減.而永生化細(xì)胞系的

5 甲基胞嘧啶含量則保持相對穩(wěn)定。以dna甲基化

酶抑制劑5 氮雜胞苷或5 氮脫氧胞苷處理人二倍

體成纖維細(xì)胞或某些腫瘤細(xì)胞,可使其增殖能力下

降,體外培養(yǎng)壽限縮短。因此,dna甲基化水平也可以

作為細(xì)胞分裂的“計(jì)時器”。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)同樣發(fā)現(xiàn)基因組

整體甲基化水平有隨齡降低的趨勢。

在基因組整體甲基化水平降低的同時,衰老過程

中也伴有個別基因甲基化水平增高的現(xiàn)象。最早證明

與年齡相關(guān)啟動子cpg島的甲基化是人結(jié)腸組織雌

激素受體(estrogen receptor,er)基因,年輕個體中,幾

乎檢測不到er基因的甲基化,以后,隨齡逐漸升高。

另外。胰島索樣生長因子2(insulinlike growth facror,

igf2)、肌原調(diào)節(jié)蛋白myod1、體覺誘發(fā)電位組分

n33基因啟動子cpg島的甲基化水平在正常的結(jié)腸

組織中同樣隨齡升高。tra等用限制性界標(biāo)基因組掃

描技術(shù)對t淋巴細(xì)胞20__個基因座的甲基化年齡變

化情況進(jìn)行了調(diào)查,發(fā)現(xiàn)29個基因座有變化,其中23

個增加,6個降低。也許.這些特定基因的甲基化是更

好的衰老生物學(xué)標(biāo)志。

陳培利等_10]利用人胚肺二倍體成纖維細(xì)胞(hu

man fetal lung diploid fibroblasts。2bs)進(jìn)行體外培養(yǎng)。

發(fā)現(xiàn)其p16基因啟動子區(qū)及外顯子i處的dna甲基

化水平隨個體細(xì)胞代齡的增加而降低。他們首先將

2bs細(xì)胞在體外作常規(guī)傳代培養(yǎng)(規(guī)定3o代齡以內(nèi)為

法律與醫(yī)學(xué)雜志20__年第l3卷(第4期)

年輕細(xì)胞,55代齡以上為衰老細(xì)胞,在31至54代齡

之問位中年細(xì)胞)。然后用有機(jī)法提取細(xì)胞dna,取各

組dna各llxg加入sinai約40u,25~c酶切過夜(smai

不具備甲基化修飾作用)。然后對p16基因外顯子i

及13-actin進(jìn)行pcr擴(kuò)增。

ll 二| ’。_ lll

l | _ __?一_l\

‘l \_ _l’ _li \

_l\ il 、

l i、

4 _ li 0_ _l

年輕細(xì)胞中年j田胞老年細(xì)胞

圍1不同代齡2bs細(xì)胞p16外顯于pcr擴(kuò)增條帶的吸光度掃描值【’。

寰1 不同代齡2bs細(xì)胞pl6外丑于l殛i~-actinpcr擴(kuò)增條帶的吸

光度掃描值

組別 n

灃:#以b—actin的值校正后結(jié)果;t檢驗(yàn),與年輕細(xì)胞相比, p<o.05

實(shí)驗(yàn)結(jié)果(參見表1)表明,不同代齡2bs細(xì)胞

p16基因外顯子i上的擴(kuò)增產(chǎn)物均低于相對的未酶切

的b—actin對照組,且其dna甲基化水平隨代齡的增

加而趨于降低,在年輕細(xì)胞中甲基化水平約為64%.

而在衰老細(xì)胞中僅為24%,降低約40%。在之后的研

究中,陳培利等在以2bs為模型的衰老研究中發(fā)現(xiàn),

細(xì)胞分裂一次端區(qū)(即端粒)縮短50bp,抑制dna甲

基化則可導(dǎo)致細(xì)胞早衰。?】他們測定了去甲基化處理

后的2bs細(xì)胞的端區(qū)長度.研究表明老年2bs細(xì)胞衰

老表型更加明顯,端區(qū)長度較對照細(xì)胞縮短,而年輕

細(xì)胞則變化不顯著。從而推斷甲基化的改變可以影響

染色質(zhì)的構(gòu)象,從而可能改變端區(qū)結(jié)合蛋白與dna

的作用l1 1,后者可以進(jìn)一步引起端區(qū)長度改變。

三、dna 甲基化檢測方法

隨著對甲基化研究的不斷深入,各種各樣甲基化

檢測方法被開發(fā)出來以滿足不同類型研究的要求。

dna甲基化可以從甲基化含量、甲基化水平、甲基化

模式和甲基化圖譜分析等多種途徑進(jìn)行分析。甲基化

含量分析5mc在基因組中所占的總體比例:甲基化水

2 1 8 6 4 2 0

l n n

瓔輟 越

法律與醫(yī)學(xué)雜志20__年第13卷(第4期)

平分析單個cpg胞嘧啶甲基化的發(fā)生率,若同時分析

多個cpg位點(diǎn),則可以制作甲基化水平圖譜;甲基化模

式分析一段單鏈dna上一組cpg的甲基化狀態(tài)組合。

根據(jù)研究目的,甲基化檢測方法分為:基因組整體水平

的甲基化檢測,特異位點(diǎn)甲基化的檢測和尋找新甲基化

位點(diǎn)。從研究所用的處理方法不同分為:基于pcr的甲

基化分析方法;基于限制性內(nèi)切酶的甲基化分析方法;

基于重亞硫酸鹽的分析方法和層析法等。[31以下歸納

總結(jié)了主要的甲基化分析方法以及相關(guān)特性。

(一)基因組整體水平甲基化分析

高效液相色譜柱(hplc)及相關(guān)方法。hplc是一

種比較傳統(tǒng)的方法,能夠定量測定基因組整體水平

dna甲基化水平。它由kuo等1980年[131首次報道。

過程是將dna樣品先經(jīng)鹽酸或氫氟酸水解成堿基,

水解產(chǎn)物通過色譜柱,結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)品比較,用紫外光

測定吸收峰值及其量,計(jì)算5mc/(5mc+5c)的積分面

積就得到基因組整體的甲基化水平。oefner等1992

年提出變性高效液相色譜法(dhplc)用于分析單核

苷酸和dna分子。鄧大君等20__年i141將其改進(jìn)與

pcr聯(lián)用建:立了一種檢測甲基化程度的dhplc分析

方法。將重亞硫酸鹽處理后的產(chǎn)物進(jìn)行差異性擴(kuò)增。

由于原甲基化的在重亞硫酸鹽處理時仍被保留為胞

嘧啶,因此原甲基化的在pcr擴(kuò)增時,其變性溫度也

相應(yīng)上升。使pcr產(chǎn)物在色譜柱中保留的時間明顯延

長.這樣就可以測定出pcr產(chǎn)物中甲基化的情況。

這種方法的最明顯優(yōu)點(diǎn)是:可用于高通量混合樣

本檢測.能夠明確顯示目的片段中所有cpg位點(diǎn)甲基

化的情況.但不能對甲基化的cpg位點(diǎn)進(jìn)行定位。

其他基因組水平甲基化分析還有sssi甲基轉(zhuǎn)移

酶法,免疫化學(xué)法,氯乙醛法等。各具優(yōu)缺點(diǎn)。

(二)特異性位點(diǎn)的dna 甲基化的檢測

1.甲基化敏感性限制性內(nèi)切酶(ms—re—pcr/

southern)法

這種方法利用甲基化敏感性限制性內(nèi)切酶對甲

基化區(qū)的不切割的特性.將dna消化為不同大小的

片段后再進(jìn)行分析。 這是一種經(jīng)典的甲基化研究方

法,其優(yōu)點(diǎn)是:相對簡單,成本低廉,甲基化位點(diǎn)明確,

實(shí)驗(yàn)結(jié)果易解釋;

2.甲基化特異性的pcr(ms—pcr)

herman等[161 1996年在使用重亞硫酸鹽處理的基

礎(chǔ)上新建的一種方法。它將dna先用重亞硫酸鹽處

理。這樣未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏?,而甲基?/p>

的不變。隨后行引物特異性的pcr。檢測msp擴(kuò)增產(chǎn)

物.如果用針對處理后甲基化dna鏈的引物能擴(kuò)增

· 287 ·

出片段,則說明該被檢測的位點(diǎn)存在甲基化;若用針對

處理后的非甲基化dna鏈的引物擴(kuò)增出片段.則說明

被檢測的位點(diǎn)不存在甲基化(見圖2)。[15·17]

. /

5’衄_{2盈__ 平 盈3. 5-啪__曩墨|_唧h _霉疊__甲3·

— __. —

p1.m ri 一 一

圖2甲基特異性的pcr擴(kuò)增(ms—pcr)示意i莩i。dna經(jīng)重亞硫酸鹽處

理后。以處理后的產(chǎn)物作為模板.加入甲基化特異性的引物(primer 1)

或非甲基化的引物(primer¨).進(jìn)行特異性的擴(kuò)增(如圖所示),只有結(jié)

合完全的甲基化或非甲基化特異性引物的片段才能擴(kuò)增出產(chǎn)物。[1s,1

(三)尋找新甲基化位點(diǎn)

1.限制性標(biāo)記基因組掃描(rlgs)

costello等20__年報道的rlgs[ 81能對整個基因

組的甲基化狀態(tài)進(jìn)行分析.發(fā)現(xiàn)新甲基化基因的方

法。這種方法聯(lián)合使用了限制性內(nèi)切酶及二維電泳。

其過程是:先用甲基化敏感的稀頻限制性內(nèi)切酶not

i消化基因組dna,甲基化位點(diǎn)保留,標(biāo)記末端、切

割、行一維電泳,隨后再用更高頻的甲基化不敏感的

內(nèi)切酶切割。行二維電泳,這樣甲基化的部分被切割

開并在電泳時顯帶,得到rlgs圖譜與正常對照得出

缺失條帶即為甲基化的可能部位。

2.聯(lián)合甲基化敏感性限制性內(nèi)切酶的mb(com.

pare—ms)

srinivasan yegnasubramaniant 91 20__年報道了一

種新方法compare—ms.該法將mbd柱層析法與

ms—re聯(lián)用?;パa(bǔ)了各自單用的弊處,能夠快速、敏感

的檢測dna甲基化情況(見圖3)。[19j

四、甲基化型分析的優(yōu)勢以及存在的問題

(一)甲基化作為檢測對象的優(yōu)勢

1.甲基化型既能反映有關(guān)基因功能狀態(tài)及與此相

連的多種疾病相關(guān)的豐富信息。叉具有簡單的“二元

化”性質(zhì),即令甲基化為“0”,非甲基化為“1”,就可以進(jìn)

行數(shù)字化處理,便于開展大規(guī)模和自動化監(jiān)測分析。

2.dna分子十分穩(wěn)定。有可能將它和dna的snp

分析等置于同一個技術(shù)平臺。同時它又比rna和蛋白

質(zhì)更便于保存和運(yùn)輸。并可對已經(jīng)石蠟、甲醛或乙醇預(yù)

· 288 ·

_f 簟

圖3 聯(lián)臺甲基化敏豫性限制性內(nèi)切酶的mbd (compare-ms)示

意圍。用甲基化以外的位點(diǎn)的內(nèi)切酶ia酶)與甲基化敏雅的內(nèi)切酶(b

酶)聯(lián)用.則甲基化的dna鏈不被切開。非甲基化的切開.再行mbd

捕獲存在甲基化位點(diǎn)的dna片段。最后行實(shí)時pcr擴(kuò)增并分析。f刪

處理的樣本進(jìn)行分析,可以開發(fā)歷史上儲備的病理學(xué)資

料。

(二)存在的問題

目前還未找到dna甲基化改變與年齡之間的精

確的量化關(guān)系式。雖然人們對個體細(xì)胞的衰老及其基

因甲基化水平的改變有了初步的了解.但還在研究探

索二者之問的精確的量化關(guān)系。[201對使用dna甲基

化改變來推斷個體年齡的大小,仍需要進(jìn)行大量的研

究和調(diào)查。

(三)付諸于實(shí)踐之前還必須解決的問題

1.確定表觀遺傳修飾與特定生理指標(biāo)的相關(guān)性:

2證實(shí)將這些指標(biāo)作為鑒別診斷的潛在可能性和

技術(shù)可行性:

3.通過一定規(guī)模的流行病學(xué)調(diào)查來驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)室內(nèi)

的表觀遺傳生理及病理發(fā)現(xiàn)在人群中的真實(shí)性。

五、dna甲基化在法醫(yī)學(xué)中判定個體年齡上的展

目前,研究dna甲基化水平改變與個體年齡的

相關(guān)性尚處于試驗(yàn)階段,但已引起許多學(xué)者的關(guān)注。

人類表觀基因組協(xié)會(human epigenome con—sortium,

hec)于20__年1o月正式宣布開始投資和實(shí)施人類

表觀基因組 計(jì)劃(human epigenome project,hep)。

dna甲基化已經(jīng)成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的

重要研究內(nèi)容,hep的最終目標(biāo)是就要確認(rèn)這些dna

甲基化位點(diǎn)在人類基因組的分布與頻率,以指導(dǎo)和系

統(tǒng)研究dna甲基化在人類表觀遺傳、胚胎發(fā)育、基因

印記等發(fā)揮的作用。 借助于該計(jì)劃的實(shí)施和分子生

物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,在法醫(yī)實(shí)踐中可以通過調(diào)查各年齡

段人群基因組dna甲基化分布以及相關(guān)頻率,建立

相關(guān)統(tǒng)計(jì)學(xué)模型,將來有望成為法醫(yī)個體年齡判定的

一項(xiàng)重要的生物學(xué)指標(biāo)。(感謝西安交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院第一附

法律與醫(yī)學(xué)雜志20__年第l3卷(第4期)

屬醫(yī)院婦產(chǎn)科、環(huán)境與疾病相關(guān)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室鄭鵬生教授

和顧婷婷同學(xué)的支持和幫助。)

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el9

【20】lssa jp.a(chǎn)ging,dna methylation and cancer[jl,cri rev oncool hematol,

表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)范文第3篇

【關(guān)鍵詞】 微小RNA; 分子生物學(xué)特征; 調(diào)控作用機(jī)制; 治療

Lee等[1]1993年發(fā)現(xiàn)在秀麗隱桿線蟲(C,elegans)存在一種非編碼的基因。核糖核酸(RNA)lin-4參與調(diào)控線蟲時序發(fā)育。Reinhart等[2]于2000年在線蟲中發(fā)現(xiàn)另一個類似結(jié)構(gòu)的具有轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)功能的小分子RNA(Let-7)。隨后,相繼在生物界包括動、植物,病毒等142個物種中發(fā)現(xiàn)15172個小分子RNA,統(tǒng)稱為微小RNA(microRNA、miRNA),發(fā)現(xiàn)并鑒定在人類基因組中可能存在1000個miRNA[3]。研究表明,miRNA參與了細(xì)胞分裂,增殖、分化、發(fā)育等生物學(xué)過程,而且發(fā)揮著癌基因和抑癌基因的功能,在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展中發(fā)揮著重要的作用[4]。肺癌已成為人類病死率最高的腫瘤類疾病之一,據(jù)統(tǒng)計(jì)全球每年大約有130萬人死于該病[5]。在肺癌患者中,80%以上是非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC),其發(fā)病率呈逐年上升趨勢。調(diào)查表明,NSCLC在干預(yù)后5年存活率僅為15%[6]。因此,肺癌的早診、早治已成為當(dāng)前基礎(chǔ)和臨床研究的熱點(diǎn)。本文綜述miRNA及其與肺癌治療的新進(jìn)展,新認(rèn)識。

1 MiRNA的分子生物學(xué)特征

miRNA分子生物學(xué)特征包括[7]:(1)一組內(nèi)源性非編碼單鏈小分子RNA,廣泛存在于生物包括動植物,病毒等真核細(xì)胞中,具有高度保守性;(2)長度為18~22 nt;(3)miRNA在3ˊ端有1~2個堿基的長度變化,為單鏈結(jié)構(gòu),5ˊ端有一磷酸基團(tuán),3ˊ端為羥基,該結(jié)構(gòu)特點(diǎn)是使其與功能mRNA的降解后段和大多數(shù)寡核苷酸保持區(qū)別;(4)同一基因簇的miRNA具有較強(qiáng)的同源性,不同基因簇的miRNA同源性較弱,其表達(dá)具有時序表達(dá)特異性和組織表達(dá)特異性;(5)據(jù)預(yù)測,miRNA調(diào)控人類約超過1/3的mRNA,單個miRNA能影響數(shù)百種蛋白質(zhì)的表達(dá)。

2 肺癌中的miRNA的調(diào)控作用機(jī)制

miRNA通過靶基因3ˊ端非翻譯區(qū)序列結(jié)合,在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控靶基因。肺癌中miRNA的調(diào)控作用機(jī)制大致可分為3類[8],即轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,表觀遺傳學(xué)(apigenetics)調(diào)控和miRNA的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)。

2.1 轉(zhuǎn)錄后調(diào)控 在細(xì)胞質(zhì)內(nèi),成熟的miRNA與AgoⅡ等形成誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RNA-induced silencing complex, RISC)。RISC內(nèi)miRNA通過與靶基因mRNA的3ˊUTR結(jié)合來調(diào)控基因的表達(dá),其方式主要有兩種,即抑制翻譯或降解mRNA。此外,miRNA還可能影響mRNA的穩(wěn)定性。

2.2 表觀遺傳學(xué)調(diào)控 表觀遺傳學(xué)是指在基因的核苷酸序列不發(fā)生突變的情況下,基因的修飾與DNA甲基化,組蛋白的乙酰化等導(dǎo)致基因活性發(fā)生改變,且可遺傳數(shù)代。miRNA通過甲基化靶基因,即通過表觀遺傳學(xué)的改變來影響腫瘤的發(fā)生。miRNA的表達(dá),尤其是靠近CPG島的基因受甲基化影響較大。研究表明,miRNA-370作用與白介素-6(IL-6),受DNA甲基化酶Ⅰ及HASI4442的影響,而miR-34b和miR-34c由于甲基化不足影響p53相關(guān)基因的功能[9]。miR-29家族作為抑癌基因,作用于DNA甲基轉(zhuǎn)移酶DNMT3A和DNMT3B,誘導(dǎo)抑癌基因EHZT,wwox正常甲基化,從而抑制NSCLC的發(fā)展[10]。

2.3 miRNA的SNP miRNA多態(tài)性與肺癌形成密切相關(guān)。Sun等[11]分析了多種miRNA的多態(tài)性,表明即使在成熟miRNA之外的序列的堿基改變亦能影響miRNA的生成和功能。在pre-miR-146a中。G/C改變導(dǎo)致成熟的miR-146a表達(dá)下降。從而對其靶基因的作用顯著下降。Hi等[12]研究發(fā)現(xiàn),pre-has-mir-196中的rs 11614913 SNP(C-T)改變了has-mir-196加工的過程,影響了miRNA的成熟和表達(dá),從而影響了NSCLC患者的預(yù)后和存活。

3 miRNA與肺癌的治療

表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)范文第4篇

【關(guān)鍵詞】微分方程 生物信息學(xué) 案例式教學(xué)法 問題式教學(xué)法

【中圖分類號】O175 【文獻(xiàn)標(biāo)識碼】A 【文章編號】2095-3089(2012)10-0060-01

生物信息學(xué)作為一門交叉學(xué)科正在迅猛的發(fā)展,通過將數(shù)學(xué)科學(xué)知識和技巧引入生物科學(xué)的領(lǐng)域,幫助生物學(xué)家解釋各種生命現(xiàn)象。同時,生物學(xué)又為數(shù)學(xué)家提供了豐富的研究課題。微分方程是數(shù)學(xué)專業(yè)的核心基礎(chǔ)課,也是其他工科專業(yè)的必修課程之一,為其解決實(shí)際問題提供必要的數(shù)學(xué)知識。微分方程通過對自然科學(xué)和社會科學(xué)中的問題進(jìn)行數(shù)值或者定性的描述,幫助人們對事物的發(fā)展進(jìn)行預(yù)見。微分方程在眾多的領(lǐng)域應(yīng)用廣泛,包括物理學(xué)、航天、醫(yī)藥、化學(xué)和生物學(xué)等領(lǐng)域。隨著完成測序的生物數(shù)量的迅速增加及更深入廣泛的了解基因功能,生物網(wǎng)絡(luò)的研究在生物信息學(xué)中越來越受重視。由于微分方程系統(tǒng)的靈活強(qiáng)大,有利于描述生物網(wǎng)絡(luò)中的復(fù)雜關(guān)系。因此,微分方程課程被生物信息學(xué)專業(yè)作為重要的必修課程之一。由于本課程數(shù)學(xué)理論豐富應(yīng)用性較強(qiáng)的特點(diǎn),在給非數(shù)學(xué)專業(yè)學(xué)生授課的過程中往往面臨兩難的境地:一方面如果按照數(shù)學(xué)專業(yè)授課模式側(cè)重?cái)?shù)學(xué)理論的介紹就會脫離本專業(yè)的特點(diǎn),應(yīng)用性欠缺使得學(xué)生缺乏興趣;另一方面,如果大量介紹應(yīng)用,又會因?yàn)閷W(xué)生數(shù)學(xué)背景知識的缺乏而造成學(xué)生比較迷茫。如何在授課過程中將理論和實(shí)際內(nèi)容有機(jī)的結(jié)合,從而使學(xué)生在學(xué)習(xí)中產(chǎn)生興趣值得思考。本文結(jié)合生物信息學(xué)的專業(yè)特點(diǎn),總結(jié)了微分方程在教學(xué)過程中的一點(diǎn)體會。

1.合理的整合教學(xué)內(nèi)容

關(guān)于微分方程的教材很多,但是一些教材偏重于理科注重公式定理的推導(dǎo)證明,沒有實(shí)際應(yīng)用的舉例,公式抽象語言晦澀學(xué)生難于理解。本校生物信息學(xué)本科專業(yè)采用的教材是周義倉編寫的常微分方程及其應(yīng)用,其內(nèi)容上在反應(yīng)數(shù)學(xué)理論嚴(yán)密性的同時,強(qiáng)調(diào)了建模、應(yīng)用和計(jì)算機(jī)等特點(diǎn),每章使用數(shù)學(xué)軟件進(jìn)行具體實(shí)例的解析。

首先,在吃透教材的基礎(chǔ)上對教學(xué)內(nèi)容進(jìn)行合理適當(dāng)?shù)恼{(diào)整。在了解數(shù)學(xué)背景知識的同時更注重微分方程理論的應(yīng)用性而不關(guān)注數(shù)學(xué)公式的推導(dǎo)。

其次,注意不同知識點(diǎn)的歸納總結(jié)。在教學(xué)過程中注意及時的整理和總結(jié),幫助學(xué)生理清它們之間的區(qū)別與聯(lián)系。同時,這些理論知識的落腳點(diǎn)就是眾多不同類型微分方程的求解,針對不同求解方法進(jìn)行歸納,強(qiáng)化訓(xùn)練。

最后,注意學(xué)生實(shí)際的動手操作能力。結(jié)合實(shí)驗(yàn)課針對每章的教學(xué)內(nèi)容鍛煉學(xué)生的實(shí)際動手操作能力,結(jié)合Maple或Matlab軟件判斷微分方程的類型并進(jìn)行求解。除此之外,可以適當(dāng)增加實(shí)際的問題,例如藥物代謝、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)等生物信息學(xué)中的經(jīng)典問題進(jìn)行數(shù)學(xué)建模、求解方程、解釋實(shí)際現(xiàn)象。

2.多樣化的教學(xué)方法和手段

微分方程涉及很多數(shù)學(xué)理論的推導(dǎo),因此在數(shù)學(xué)專業(yè)中往往采用板書的方式。既能幫助學(xué)生理解推演過程,又能根據(jù)學(xué)生理解情況隨時調(diào)整。但是對于生物信息學(xué)專業(yè)單純的板書或者多媒體教學(xué)都會導(dǎo)致單調(diào)枯燥,影響學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣。將二者有機(jī)的結(jié)合,通過板書將復(fù)雜的理論知識在黑板上演示,同時將微分方程的圖形利用多媒體技術(shù)展現(xiàn)使得課堂教學(xué)更具有直觀性,使學(xué)生更容易理解教學(xué)內(nèi)容并加深印象。在教學(xué)過程中適當(dāng)引入討論式教學(xué)方法,針對實(shí)際問題讓學(xué)生進(jìn)行分組討論有利于培養(yǎng)學(xué)生積極探索、勇于創(chuàng)新、敢于質(zhì)疑的學(xué)習(xí)態(tài)度。

3.理論聯(lián)系實(shí)際

對于微分方程的內(nèi)容,如果只進(jìn)行理論的學(xué)習(xí)而不進(jìn)行上機(jī)的實(shí)際操作無異于是紙上談兵,上機(jī)的操作如果僅僅局限于是方程的求解和判斷也僅僅是浪費(fèi)時間。通過上機(jī)時間不僅鍛煉學(xué)生將所學(xué)算法程序化和學(xué)生的邏輯思維能力,還要提供學(xué)生應(yīng)對問題的解決能力。隨著海量基因組數(shù)據(jù)的出現(xiàn),如何利用基因組數(shù)據(jù)分析基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和代謝途徑是生物信息學(xué)研究人員亟待解決的問題。利用微分方程演化生物網(wǎng)絡(luò)中的復(fù)雜關(guān)系得到了廣泛的應(yīng)用。針對微分方程在基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用,讓學(xué)生體會將實(shí)際問題數(shù)學(xué)化,建立模型求解方程,解釋實(shí)際問題,培養(yǎng)學(xué)生解決實(shí)際問題、提高算法分析與設(shè)計(jì)的能力。其次,積極鼓勵學(xué)生參與數(shù)學(xué)建模競賽活動,在活動中讓學(xué)生體會運(yùn)用理論知識解決實(shí)際問題的樂趣。

4.靈活的評價機(jī)制

傳統(tǒng)的考核辦法采取單一的筆試成績,但這往往不能評價學(xué)生的綜合素質(zhì)以及知識的掌握程度。在考核內(nèi)容上主要突出三點(diǎn)內(nèi)容:(一)對基本概念的掌握程度;(二)分析問題與解決問題的綜合實(shí)力;(三)考查學(xué)生對微分方程求解方法和技巧的掌握。

對于生物信息學(xué)專業(yè)的學(xué)生,要求有強(qiáng)大的數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)功底解決生物學(xué)問題。因此既要有扎實(shí)的理論基礎(chǔ),又要求具有分析和解決實(shí)際生物學(xué)問題的能力。面對微分方程這門課程,既要重視數(shù)學(xué)理論的教學(xué),又要注重對學(xué)生解決生物學(xué)實(shí)際問題的引導(dǎo),結(jié)合本專業(yè)的特點(diǎn)及培養(yǎng)目標(biāo),培養(yǎng)學(xué)生分析問題和解決問題的能力。

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作者簡介:

王芳(1982- ),吉林人,哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,講師,主要研究方向:生物信息學(xué),計(jì)算表觀遺傳學(xué)。

表觀遺傳學(xué)的特點(diǎn)范文第5篇

關(guān)鍵詞:分子生物學(xué);課程教學(xué);改革研究;創(chuàng)新生物學(xué)人才

分子生物學(xué)的目標(biāo)是在分子水平上闡明細(xì)胞活動的規(guī)律,從而揭示生命的本質(zhì)[1]。雖然它在生物類專業(yè)課程體系中充當(dāng)著重要角色,對生命科學(xué)的發(fā)展起著至關(guān)重要的作用,但是分子生物學(xué)的教學(xué)卻因?yàn)檎n程內(nèi)容多,學(xué)科交叉廣,理解難度高,信息量大,知識更新快而使教學(xué)效果差強(qiáng)人意,集中表現(xiàn)為教師授課難和學(xué)生學(xué)習(xí)難。這種現(xiàn)狀不但困擾著老師和同學(xué),也與大學(xué)培養(yǎng)高素質(zhì)創(chuàng)新型人才的目標(biāo)不相適應(yīng)。如何克服分子生物學(xué)課堂教學(xué)的“瓶頸”?本人在從事十多年的分子生物學(xué)教學(xué)過程中,努力研究和探索多種形式的教學(xué)改革,力求提升教學(xué)效果和教學(xué)質(zhì)量。

一、教學(xué)內(nèi)容的合理組織

分子生物學(xué)的教學(xué)除了選用好的教材,制定完善的教學(xué)大綱,如何組織教學(xué)內(nèi)容是教學(xué)的一個非常重要環(huán)節(jié)[2]。教學(xué)內(nèi)容呈現(xiàn)給學(xué)生的應(yīng)該是完整、清晰的、有層次、條理的知識。我們在組織教學(xué)的過程中,首先從提高自身學(xué)科素養(yǎng)著手?!耙槐窘滩臅瑪?shù)種參考書”,除分子生物學(xué)國內(nèi)、國外各類版本外,與分子生物學(xué)相互交叉和滲透的其他學(xué)科,如細(xì)胞生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué),我們也都進(jìn)行了系統(tǒng)的學(xué)習(xí)和強(qiáng)化,不斷夯實(shí)專業(yè)知識、拓展專業(yè)領(lǐng)域,基本構(gòu)建了分子生物學(xué)完整的知識體系,具備了對教材處理的前提。既避免了教學(xué)中各學(xué)科的重復(fù),也進(jìn)一步凝練了知識。此外,我們還通過網(wǎng)絡(luò)教學(xué)平臺向全國優(yōu)秀教師學(xué)習(xí),在不斷的探索中總結(jié)出了教學(xué)內(nèi)容合理組織的一些思路。1.思維導(dǎo)學(xué)模式。在DNA復(fù)制教學(xué)環(huán)節(jié),知識點(diǎn)多,并且較分散,很容易在教學(xué)中造成學(xué)習(xí)困難和知識混淆的現(xiàn)象,針對這章教學(xué)的特點(diǎn),我們采用了思維導(dǎo)學(xué)模式,收到了非常好的教學(xué)效果。2.重點(diǎn)、難點(diǎn)解讀。本科教學(xué)形式多樣化,也更提倡學(xué)生的自主學(xué)習(xí),但并不是淡化了教師的教學(xué),反而對教師提出了更高的要求[3]。教師必須圍繞每堂課的教學(xué)目的,合理組織和引導(dǎo)學(xué)生理解并掌握教學(xué)的重點(diǎn)和難點(diǎn)內(nèi)容。比如在講解染色體端粒末端修復(fù)機(jī)制中,教師首先要從教材的知識結(jié)構(gòu)中梳理出重點(diǎn)。染色體端粒末端修復(fù)機(jī)制的知識點(diǎn)包括:(1)引物切除造成的遺傳信息缺失;(2)端粒末端的特點(diǎn);(3)體細(xì)胞和性細(xì)胞末端修復(fù)機(jī)制的不同;(4)DNA結(jié)構(gòu)的變化;(5)端粒酶的修復(fù)機(jī)制。梳理知識點(diǎn)后,總結(jié)教學(xué)重點(diǎn):一是引物切除后損傷修復(fù)在體細(xì)胞和性細(xì)胞中的不同;二是四鏈DNA結(jié)構(gòu);三是端粒酶的修復(fù)機(jī)制。其中端粒酶修復(fù)機(jī)制的講授是學(xué)生學(xué)習(xí)的難點(diǎn)。難點(diǎn)集中在端粒酶的性質(zhì)和修復(fù)發(fā)生的過程。經(jīng)過對教學(xué)內(nèi)容中重點(diǎn)和難點(diǎn)的準(zhǔn)確把握和合理組織,教師才能在課堂教學(xué)中突出重點(diǎn)、突破難點(diǎn),讓學(xué)生的課堂學(xué)習(xí)無障礙。

二、教學(xué)方法和手段的改進(jìn)

教學(xué)方法的推陳出新,是教學(xué)改革的重要內(nèi)容[4]。為發(fā)揮學(xué)生作為教學(xué)主體的能動性,我們根據(jù)具體的教學(xué)內(nèi)容設(shè)置了啟發(fā)式、聯(lián)想式、探究式等多種教學(xué)方法[5],讓學(xué)生參與到教學(xué)過程中,不僅活躍了課堂氣氛,而且在分享知識的同時,更注重教會學(xué)生靈活掌握學(xué)習(xí)的方法。

1.啟發(fā)式教學(xué)。啟發(fā)的目的在于舉一反三,觸類旁通。針對每一次的課堂教學(xué),設(shè)計(jì)一些拋磚引玉的問題,供學(xué)生思考與討論,這成為了分子生物學(xué)理論教學(xué)的重要組成部分。如進(jìn)行到真核生物基因表達(dá)調(diào)控學(xué)習(xí)環(huán)節(jié),提出甲基化修飾的生物學(xué)意義,這個問題覆蓋范圍廣,涉及到了DNA復(fù)制的調(diào)節(jié)、蛋白質(zhì)和DNA甲基化修飾對基因表達(dá)的調(diào)控,以及Epigenetic(表觀遺傳學(xué))方面的知識。通過提出問題—討論分析—不斷啟發(fā)—再討論分析—?dú)w納總結(jié)—解決問題這一系列的互動教學(xué)活動,充分調(diào)動了學(xué)生課堂學(xué)習(xí)的主動性和積極性,在不斷的討論分析中通過展示不同的思維、發(fā)表各自的觀點(diǎn),不但有利于促進(jìn)學(xué)生在學(xué)習(xí)中發(fā)現(xiàn)問題、解決問題,而且有利于學(xué)生通過對基礎(chǔ)知識的消化、理解來達(dá)到理論的升華、拓展[4]。

2.聯(lián)想式教學(xué)。分子生物學(xué)是在生物化學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)和遺傳學(xué)的基礎(chǔ)上發(fā)展而來[6],因此知識相互交叉、相互滲透。在授課的過程中,教師一方面要避免重復(fù),一方面要通過聯(lián)想知識點(diǎn)適時培養(yǎng)學(xué)生的發(fā)散性思維,提高學(xué)生對知識的遷移能力和整合能力。如在講解化學(xué)修飾對基因的表達(dá)調(diào)控時,將細(xì)胞生物學(xué)中的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)有機(jī)結(jié)合,使學(xué)生了解基因表達(dá)調(diào)控對細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的作用機(jī)制。

3.探究式教學(xué)。在分子生物學(xué)教學(xué)中,每一個理論知識的背后都是科學(xué)研究的重大突破。如確定遺傳物質(zhì)是DNA的兩大經(jīng)典實(shí)驗(yàn),我們以探究的形式呈現(xiàn)教學(xué)內(nèi)容,從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),到結(jié)果顯示,再經(jīng)過討論分析并得出結(jié)論,以課題研究的角度,研究人員的身份引導(dǎo)學(xué)生進(jìn)入學(xué)習(xí)角色,將學(xué)科概念、理論產(chǎn)生的起因和過程展示給學(xué)生,啟發(fā)學(xué)生努力探索,走近科學(xué),讓學(xué)生從中領(lǐng)悟知識形成的探究性和科學(xué)性,逐漸培養(yǎng)具有創(chuàng)新意識和能力的高素質(zhì)研究型人才。4.多媒體多樣化教學(xué)。分子生物學(xué)的教學(xué)內(nèi)容具有微觀性、復(fù)雜性、抽象性和動態(tài)性。傳統(tǒng)的教學(xué)手段無法滿足教學(xué)的需求,而多媒體技術(shù)則具有聲像俱佳、動靜皆宜的特點(diǎn)[7],是傳統(tǒng)教學(xué)無法比擬的。多年來我們不斷補(bǔ)充和完善教學(xué)手段,逐漸形成了獨(dú)具特色的多媒體教學(xué)課件。多媒體圖像處理清晰直觀,文字表述簡潔明了、主題突出。課件中的圖像來源于國內(nèi)外的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)平臺。如講述DNA半保留復(fù)制機(jī)理時[8],首先將DNA可能存在的幾種復(fù)制方式用圖像展現(xiàn),并利用Meselson和Stahl設(shè)計(jì)的DNA復(fù)制同位素示蹤實(shí)驗(yàn)和密度梯度離心實(shí)驗(yàn)來進(jìn)行結(jié)果驗(yàn)證,引導(dǎo)學(xué)生明確掌握DNA半保留復(fù)制特點(diǎn),并結(jié)合文字,通過圖文并茂的多媒體課件,將教學(xué)內(nèi)容中的背景知識、基本概念、基本理論,以及靜態(tài)、抽象的微觀知識清晰講解。多媒體課件動靜結(jié)合、聲像互動。對于生命過程中動態(tài)的知識點(diǎn),比如DNA的復(fù)制、RNA的轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)的翻譯過程,可以將這些復(fù)雜的生命過程利用多媒體手段做成動畫并配以文字和聲像,形象直觀地展現(xiàn)給學(xué)生,既加深了學(xué)生對知識的理解,也提高了其學(xué)習(xí)效率。

三、知識領(lǐng)域的拓展

分子生物學(xué)的教學(xué)內(nèi)容除包含基礎(chǔ)理論知識外,還有大量理論應(yīng)用的研究方法部分。我們在教學(xué)中不僅僅將知識局限在教材中,利用課堂教學(xué)不斷引導(dǎo)學(xué)生去了解本學(xué)科相關(guān)領(lǐng)域內(nèi)的研究熱點(diǎn)、最新進(jìn)展、發(fā)展趨勢[8],以及生物技術(shù)在生產(chǎn)實(shí)踐中的廣泛應(yīng)用。

1.專題講座與專題討論。專題講座是教師根據(jù)教學(xué)內(nèi)容,自己組織參考資料對教學(xué)內(nèi)容的延伸與拓展。比如在講授“SNP技術(shù)”時,先從遺傳標(biāo)記分析的發(fā)展著手,把一代、二代的標(biāo)記分析做知識性的回顧,再將納入教材的第三代標(biāo)記分析“SNP”做詳細(xì)的講解,引導(dǎo)大家理解什么是單核苷酸多態(tài)性,核苷酸多態(tài)性研究的生物學(xué)意義以及在醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)、畜牧等多種領(lǐng)域的發(fā)展與應(yīng)用。通過這種方式激發(fā)了學(xué)生的學(xué)習(xí)熱情和求知欲,也使教師不斷地進(jìn)行知識的更新,及時了解本學(xué)科當(dāng)前發(fā)展的趨勢、研究的熱點(diǎn)以及爭論的問題。專題討論則是以學(xué)生為主體,根據(jù)課程教學(xué)內(nèi)容,組織學(xué)生就某一個專題自行查閱、組織文獻(xiàn)資料,并在課堂上展開討論[9]。比如在講授基因重組的教學(xué)內(nèi)容時,設(shè)計(jì)“轉(zhuǎn)基因的利與弊”供學(xué)生討論。引導(dǎo)學(xué)生思考基因工程藥物和轉(zhuǎn)基因動植物對社會產(chǎn)生的巨大影響,讓知識離開課本走進(jìn)生活,從而喚起學(xué)生學(xué)習(xí)的興趣和探索未知領(lǐng)域的欲望。這不僅使學(xué)生更加深入、系統(tǒng)地理解所學(xué)知識,并且培養(yǎng)了學(xué)生靈活運(yùn)用知識的能力[10]。

2.生物信息技術(shù)與數(shù)據(jù)庫。生物信息技術(shù)已經(jīng)發(fā)展成為分子生物學(xué)研究方法中不可分割的一部分,比如在“PCR技術(shù)”的專題講座中,不僅要對實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、原理、操作以及?yīng)用進(jìn)行講解,還要特別對引物設(shè)計(jì)的生物信息技術(shù)進(jìn)行補(bǔ)充,介紹學(xué)生對一些常規(guī)的生物信息技術(shù)軟件Primer6.0、DNAman、Olig6.0、DNAS-tar、Cluster等有一個基本的認(rèn)知度。在整個分子生物學(xué)的教學(xué)中,學(xué)生需要自行查閱和組織各種文獻(xiàn)資料,因此,必須特別強(qiáng)調(diào)互聯(lián)網(wǎng)資源運(yùn)用的重要性。教師通過介紹中國知網(wǎng)、維普、清華同方、NCBI等幾個常用資源庫,使學(xué)生了解如何利用資源庫進(jìn)行查詢,對互聯(lián)網(wǎng)資源的熟練應(yīng)用使學(xué)生的知識體系得以完善,學(xué)生通過自身的努力來提高信息收集和辨別的能力,培養(yǎng)了學(xué)生的自學(xué)能力。

四、教學(xué)改革中應(yīng)該注意的問題

1.教師的專業(yè)修養(yǎng)與教學(xué)基本功。教師在教學(xué)中具有雙重身份,既是一名導(dǎo)演,又是一名演員。作為導(dǎo)演,首先需要有最新的教學(xué)理念,整個教學(xué)過程中適時設(shè)問、適時討論、適時啟發(fā)。其次要有較強(qiáng)的課堂組織能力,根據(jù)學(xué)生的學(xué)習(xí)情況,把握課堂節(jié)奏,調(diào)動學(xué)生課堂學(xué)習(xí)激情,使教學(xué)有的放矢。否則會在教學(xué)中出現(xiàn)“啟而不發(fā)”和論證條理不清的現(xiàn)象;作為演員,還要有良好的課程駕馭能力,通過教師扎實(shí)的專業(yè)知識、廣泛的認(rèn)知領(lǐng)域、全面的知識結(jié)構(gòu),呈現(xiàn)給學(xué)生的是一個豐盛的知識大餐,而不是一鍋夾生飯。因此作為教師,必須從理論水平、科研水平、思維水平這3個方面提高教師自身的專業(yè)素質(zhì),此外,還要掌握適合自己的各項(xiàng)教學(xué)技能。

2.多媒體教學(xué)的合理應(yīng)用。多媒體教學(xué)只是一種提高教學(xué)效果的輔助手段,是為教師的教學(xué)和學(xué)生的學(xué)習(xí)服務(wù)的,只有運(yùn)用合理才可能達(dá)到好的效果。因此盡量避免在多媒體教學(xué)課件上出現(xiàn)過多的文字,否則多媒體成了教學(xué)活動中的主體,老師由照本宣科轉(zhuǎn)變?yōu)榘缪莘庞硢T和播音員的角色。學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣不高,教學(xué)效果也就適得其反。多媒體和傳統(tǒng)教學(xué)只有合理地結(jié)合,取長補(bǔ)短,才能在課堂教學(xué)中體現(xiàn)出其真正的價值??傊虒W(xué)改革的目標(biāo)是幫助學(xué)生建立學(xué)科知識體系,培養(yǎng)學(xué)生良好的科學(xué)素養(yǎng),提升學(xué)生后繼學(xué)習(xí)的能力。正如葉圣陶先生所說:“教師的教學(xué),不在于給學(xué)生搬去可以致富的金子。而在于給學(xué)生點(diǎn)金的指頭?!蹦壳?,我們關(guān)于分子生物學(xué)課堂教學(xué)改革還處于不斷探索和實(shí)踐階段,除了需要不斷地提高教師自身的學(xué)科修養(yǎng)和科研素質(zhì)外,也以“夯實(shí)基礎(chǔ)、拓展知識、增強(qiáng)能力、提高素質(zhì)”[8]作為教學(xué)的目的和人才培養(yǎng)目標(biāo),努力在今后把教學(xué)工作開展得更加有生有色,為社會培養(yǎng)更多高素質(zhì)創(chuàng)新型人才。

作者:武曉英 喬宏萍 張猛 吳麗華 郝雪峰 單位:太原師范學(xué)院

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